Concebido como un conjunto ordenado de competencias, funciones y responsabilidades, el sistema de control interno es supervisado por el Servicio de Control Interno, que ejerce sus funciones con plena autonomía respecto a los órganos cuya gestión controle, desarrollando sus actividades mediante la realización de auditorías u otras técnicas de control que establezca la Universidad, de acuerdo con una programación anual aprobada por el Consejo de Gobierno en la que se delimita la clase y el alcance del control a efectuar.
Sin perjuicio del sometimiento a los órganos de control que establezca la normativa vigente, y de las obligaciones que conlleva la sujeción al principio de decisión y gestión responsable para las personas con capacidad de toma de decisiones y de gestión, el proceso de control interno de la Universidad de Córdoba se supervisa por el Servicio de Control Interno sobre el conjunto de la actividad y sobre los actos que la integran, con la finalidad de procurar el mejor cumplimiento de los principios de legalidad, economía, eficiencia y ética.